这部电影主要讲述的就是美国的政府高官遇到了很多不知名的变种人，并且被他们刺杀。随着变种人和正常人类之间的矛盾升级越来越严重，之前的生死冤家不得以重新联合起来对抗政府高官以史崔克为主要领导的人类军队

金刚狼罗根为了把自己之前丢失的记忆给找回，自己独自离开了X教授所在的学校了，隐匿了自己的姓名后来到了艾卡里湖的工业中心。在另一方面，以政府为首的人类们也正在开自己的会议，主要就是为了重新建造起来在和变种人战斗时候，被破坏的自由女神像。与此同时，万磁王正在制作的塑料材质监狱里面蹲大牢，在这个世界的另一端一个神秘的阴谋也正在开始。里面不乏有正义感十足的X战警和各种变种人，他们在仇恨中互相厮杀，生存。