《暗黑者3》讲述死亡通知单再一次出现在罗飞的生活当中，罗飞重新集结专案组成员，与对方较量，在此时龙宇集团被新的势力压迫，阿华凭借自身的能力保住邓家的产业，与几大集团斗智斗勇，期间罗飞早已洞悉一切，开始周旋，设下重重的计谋，另一方面薛天的监狱生活也发生很大的改变，从一支神秘的铅笔丢失开始，引起监狱所有人关注，受到监狱残酷的大排查，而警察在监狱当中没有任何的收获，血案也就此发生，一场惊天动地的阴谋在罗飞的生活中开启。罗飞与自己的小伙伴们重新开始调查案件真正的真相，最后将案件的秘密全部的揭露，使案件真相大白，找到犯罪的证据将对方捉拿归案，案件结束之后，专案组也再一次解散，各个成员回到自己原有的工作中，正常的生活。